Venne fondata all’inizio dell’XI secolo dalla famiglia Attoni-Alberici-Gozoni come monastero privato. L’abbazia costituì il centro di rinascita della zona e la sua importanza crebbe con il tempo, come attestano le numerose significative donazioni di terreni ricevute, superiori a qualsiasi altra abbazia della Vallesina. Fu edificata sulla riva sinistra del fiume Esino, lungo la via Flanbenga(come veniva chiamata nel Medioevo la parallela alla via Flaminia). Nel 1219 l’abbazia venne chiamata Molie S. Mariae plani: questa prima denominazione si tramanda nel tempo con pochi cambiamenti sino al secolo XIV ed allude alle molie, l’antica zona paludosa che si estendeva lungo l’Esino ancora all’inizio del secolo XIII (di qui l’attuale nome della località, Moie). Il termine planum, inoltre, stava ad indicare la zona pianeggiante in cui era situata. In seguito ebbe iniziò la fase di decadenza, i monaci vi rimasero sin al 1456; fece seguito un lungo periodo di abbandono. Nel 1464, con  bolla di Callisto III l’abbazia venne assegnata al Capitolo della Cattedrale di Jesi, assicurando la presenza di “un sacerdote per cura d’anime”. Per il medesimo fu costruita un’abitazione sopra l’atrio della chiesa, con conseguente grave deturpazione della facciata. Il 1° gennaio del 1600, il vescovo Marco Agrippa Danini elevò a parrocchia la Chiesa S. Maria delle Moie, decretando definitivamente la fine dell’abbazia benedettina. Gli elementi architettonici più interessanti della chiesa, edificata in pietra arenaria, sono le absidi e soprattutto la pianta a croce greca inscritta, altomedievale, secondo una tipologia che si ricollega ad altri edifici diffusi in Italia (i riferimenti sono a San Claudio al Chienti, Santa Maria di Portonovo, Sant’Urbano in Apiro o, per la facciata, alla Cattedrale di Bobbio e San Giacomo a Como). L’Abbazia di Santa Maria delle Moie è inserita negli itinerari giubilari delle Marche